Tiêu chuẩn lựa chọn nhóm hạt giống mới của AFF dựa theo thành tích gần nhất tại 2 kỳ AFF Cup của các đội tuyển. Myanmar và Philippines là 2 nước đồng chủ nhà nên được mặc định vào nhóm hạt giống số 1. Thái Lan là đương kim vô địch, Malaysia là đương kim Á quân nên được phân vào nhóm hạt giống số 2.
 
ĐT Việt Nam và Singapore nằm ở nhóm hạt giống số 3. Nhóm hạt giống số 4 gồm Indonesia và đội nhất vòng loại. Có thể thấy, với kết quả phân nhóm này, ĐT Việt Nam nhiều khả năng sẽ phải gặp Thái Lan ngay từ vòng bảng. 
 
Trong trường hợp tránh được Thái Lan, thầy trò HLV Hữu Thắng cũng phải đối đầu với đối thủ rất mạnh là Malaysia. Có thể thấy, ngay từ lúc này, hành trình chinh phục Cúp vàng AFF của ĐT Việt Nam đã thấy núi cao chắn trước mắt.
 
Ngày 02/08 tới đây, AFF sẽ tiến hành bốc thăm chia bảng giải vô địch AFF Suzuki Cup 2016. Đến lúc đó chúng ta sẽ biết được Việt Nam gặp Thái Lan hay đụng Malaysia ở vòng bảng.
 
Kết quả phân nhóm hạt giống AFF Cup 2016:

Nhóm 1: Philippines, Myanmar
 
Nhóm 2: Thái Lan, Malaysia
 
Nhóm 3: Singapore, Việt Nam
 

Nhóm 4: Indonesia, Đội nhất vòng loại