Trở về từ CLB Mito Hollyhock, Công Phượng may mắn hơn Tuấn Anh là không gặp vấn đề chấn thương và anh được kỳ vọng rất nhiều ở AFF Cup 2016 cùng với ĐT Việt Nam. Ở trận đấu giao hữu gặp Indonesia trên sân Mỹ Đình, tiền đạo trưởng thành từ lò đào tạo Học viện HAGL Arsenal JMG cũng đã kịp để lại dấu ấn bằng bàn thắng đầu tiên trong màu áo ĐTQG. 
 
Nằm trong danh sách của đội tuyển AFF Cup 2016 nhưng Công Phượng khó có cơ hội đá chính bởi trong đội hình của tuyển Việt Nam rất nhiều cầu thủ đá tốt ở vị trí mà tiền đạo quê Đô Lương đảm nhiệm. Không chán nản, Công Phượng rất nỗ lực tập luyện và mong có cơ hội được thể hiện mình. 
 
Ở trận đấu mở màn gặp Myanmar, Công Phượng không có cơ hội ra sân và ĐT Việt Nam vất vả mới giành chiến thắng 2-1. Trong lượt trận thứ 2 gặp Malaysia, tiền đạo khoác áo Mito Hollyhock được HLV Hữu Thắng trao cơ hội trong khoảng 30 phút cuối trận nhưng anh thể hiện màn trình diễn đáng thất vọng. Không chỉ bỏ lỡ cơ hội ghi bàn mà Công Phượng còn tỏ ra tranh chấp kém trong những pha tranh chấp. 
 
Sau trận gặp Malaysia, Công Phượng tự thấy mặc cảm với bản thân nhưng đã được HLV Hữu Thắng động viên an ủi. Không những vậy, nhà cầm quân gốc xứ Nghệ quyết định trao cơ hội đá chính cho Công Phượng ở trận đấu với Campuchia diễn ra tối 26/11. 
 
Công Phượng: Ngôi sao đen đủi tại AFF Cup
Công Phượng chỉ được đá 20 phút trong trận gặp Campuchia
 
Rất nhiều người kỳ vọng Công Phượng sẽ ghi bàn để sớm giải tỏa áp lực khi gặp Campuchia (đối thủ vốn được đánh giá yếu hơn ĐTVN). Nhưng chỉ đúng sau 20 phút thi đấu, HLV Hữu Thắng lại bất đắc dĩ đưa Phượng dời sân. Lý do không phải chuyên môn mà bởi ông cần có thêm một phương án cho hàng thủ, khi chiếc thẻ đỏ quá sớm của Đình Luật đã ném đi tất cả toan tính của ông. 
 
Khi bảng điện tử thay người dơ lên, Công Phượng đã cảm nhận được vận đen lại đến với mình và anh lầm lũi rời sân. 20 phút là khoảng thời gian quá ít để Công Phượng thể hiện và anh cũng chưa có cơ hội nào thực sự nguy hiểm trước khung thành của Campuchia trước khi rời sân. 
 
Ngay khi Công Phượng rời sân, Hữu Thắng đã gọi anh lại. Ông nói điều gì đó rồi xoa đầu cậu học trò. Phượng lầm lũi bước về phía băng ghế dự bị, anh ngồi lặng một lúc trước khi cởi giầy. Có lẽ Công Phượng cũng ngầm hiểu rằng cánh cửa ra sân tại AFF Cup 2016 đang ngày càng hẹp đối với anh khi trước mắt là những trận bán kết đầy khốc liệt và cơ hội để cho một tiền đạo trẻ như Công Phượng thể hiện là rất ít. 
 
ĐT Việt Nam giành ngôi nhất bảng A sẽ gặp Indonesia ở bán kết và trận lượt về sẽ diễn ra trên sân khách vào ngày 3/12. Đoàn quân của HLV Hữu Thắng sẽ đá trận lượt về trên sân Mỹ Đình vào ngày 7/12. Nếu sớm giành được kết quả có lợi, Công Phượng vẫn sẽ có cơ hội để thể hiện mình ở những trận đấu này. 

Video bàn thắng ĐT Việt Nam 2-1 Cmapuchia