Theo kết quả bốc thăm và xếp lịch thi đấu, ở lượt trận đầu tiên tại vòng loại, Hoàng Thư Đà Nẵng sẽ đối đầu Sài Gòn FC trong khi Cao Bằng gặp Tân Hiệp Hưng. Hai đội giành chiến thắng sẽ giành vé trực tiếp vào VCK. Hai đội thua sẽ gặp nhau để tranh suất vé còn lại.
 
VCK sẽ là cuộc cạnh tranh của 8 đội, trong đó gồm 3 đội vượt qua vòng loại như đã nói ở trên và 5 đội có thành tích tốt ở mùa giải trước là Hải Phương Nam Phú Nhuận, Thái Sơn Nam, Thái Sơn Bắc, Sanna Khánh Hòa và Sanatech Khánh Hòa.
 
8 đội sẽ được bốc thăm thành 4 cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận tương tự như tại vòng loại. Các đội thắng sẽ thi đấu bán kết, chung kết để xếp hạng từ 1 đến 4. Các đội thua sẽ thi đấu để xếp hạng từ 5 đến 8.
 
Vòng loại diễn ra từ ngày 23/12 đến 24/12/2016 tại Nhà thi đấu Thái Sơn Nam – TP.HCM đã kết thúc và 3 cái tên mới giành vé dự VCK là Tân Hiệp Hưng, Sài Gòn FC và Cao Bằng. Vòng chung kết được tổ chức tại Nhà thi đấu Rạch Miễu – TP.HCM từ ngày 27/12 đến 30/12/2016.
 
Lịch thi đấu VCK Futsal Cúp Quốc gia 2016 (27/12 - 30/12)
 
NGÀY GIỜ MÃ TRẬN CẶP ĐẤU
23/12 14h00 1 Hoàng Thư Đà Nẵng 1-3 Sài Gòn FC
  16h00 2 Cao Bằng 3-3 Tân Hiệp Hưng (p 4-5)
       
24/12 15h00 3 Hoàng Thư Đà Nẵng  2-2 Cao Bằng (p 0-2)
       
27/12 09h00 4 Sanatech Khánh Hòa 3-3 Cao Bằng (p2-3)
  11h00 5 Thái Sơn Nam 6-1 Tân Hiệp Hưng
  13h00 6 Sana Khánh Hòa 2-1 Sài Gòn FC
  15h00   KHAI MẠC VCK
  15h15 7 Hải Phương Nam 4-3 Thái Sơn Bắc
       
28/12 09h00 8 Sanatech Khánh Hòa 1-2 Tân Hiệp Hưng
  11h00 9 Sài Gòn FC 5-1 Thái Sơn Bắc
  13h00 10 Cao Bằng 1-1 Thái Sơn Nam (pen 1-2)
  15h00 11 Sana Khánh Hòa 2-3 Hải Phương Nam
       
30/12 09h00 12 Sanatech Khánh Hòa 4-1 Thái Sơn Bắc (Tranh hạng 7)
  11h00 13 Tân Hiệp Hưng 2-3 Sài Gòn FC (Tranh hạng 5)
  13h00 14 Cao Bằng 1-7 Sana Khánh Hòa (Tranh hạng 3)
  15h00 15 Thái Sơn Nam vs Hải Phương Nam (Chung kết)
  17h00   BẾ MẠC - TRAO GIẢI