Theo công bố của UEFA, trọng tài  Mark Clattenburg sẽ là người điều khiển trận chung kết giữa Pháp vs Bồ Đào Nha. Đây là trọng tài được đánh giá là có chuyên môn tốt và uy tín tại EURO năm nay. Thế nhưng trong quá khứ vị trọng tài này từng bị Ban tổ chức giải Ngoại hạng Anh treo còi. 

Sự việc xảy ra hồi năm 2012 sau khi Chelsea khiếu nại Clattenburg  có cử chỉ, ngôn ngữ không hay đối với John Mikel Obi ở trận đấu với MU. FA đã treo còi trọng tài này 1 tháng để điều tra, nhưng sau đó xử ông trắng án. Mark Clattenburg cũng là một trong số những trọng tài hàng đầu ở xứ sở sương mù. 

Mark Clattenburg được cấp bằng trọng tài FIFA từ năm 2006. Ở giải Ngoại hạng Anh mùa 2015/16, vị trọng tài 41 tuổi này đã bắt 46 trận, rút ra 162 thẻ vàng và 7 thẻ đỏ. Clattenburg từng bắt chính chung kết cúp FA 2016 , chung kết Champions League 2016 và giờ là chung kết EURO 2016.

Công tác trọng tài ở EURO 2016 trở thành tâm điểm chỉ trích của dư luận sau rận Pháp thắng Đức ở vòng bán kết. Trọng tài Nicola Rizzoli được cho là đã nặng tay khi bắt phạt đền với Bastian Schweinsteiger cuối hiệp một bởi Đức đã loại Italia ở tứ kết.