Mùa giải đầu tiên tại Việt Nam không tệ với cá nhân Lee Nguyễn, nhưng thành tích chung thì đáng thất vọng. HAGL chỉ cán đích thứ sáu. Mùa đó Lee Nguyễn ghi 12 bàn (chín ở V-League, ba tại Cup Quốc gia) và kiến thiết 16 bàn khác. Đã có thời gian HAGL chơi bùng nổ nhờ bộ đôi siêu đẳng Lee Nguyễn – Thonglao, và giành bốn chiến thắng liên tiếp trên sân những đối thủ khó chịu như Thể Công, Thanh Hóa... để leo lên nhì bảng. Cá nhân Lee Nguyễn đoạt danh hiệu Cầu thủ hay nhất tháng 5. Mối quan hệ giữa anh với các đồng nghiệp ở HAGL, đặc biệt nhóm cầu thủ Thái Lan như Thonglao, Sakka, Nirut chuyển biến tích cực. Lee Nguyễn đặc biệt thân thiết, và dành cho Thonglao sự tôn trọng lớn về chuyên môn.

Nhớ lại vụ Kiatisak đối đầu Lee Nguyễn: 2 hổ dữ không thể ở chung 1 rừng!
Cặp đôi hoàn hảo Lee Nguyễn - Thonglao (ngoài cùng bên phải)

Tuy nhiên, kết thúc mùa 2009 HAGL có sự thay đổi rất lớn về nhân sự trên ban huấn luyện. HLV Chatchai về lại Thái Lan, Giám đốc kỹ thuật Nguyễn Văn Vinh cũng không còn làm tổng quản mà nhường chỗ cho Trưởng đoàn mới Nguyễn Tấn Anh. Khá hài lòng với chuyên môn và tin rằng Lee Nguyễn đủ sức làm đầu tàu, bầu Đức quyết định thanh lý hợp đồng với tiền vệ Thonglao sau ba năm gắn bó (Thonglao lúc đó được Muangthong United mời về Thái Lan với mức lương cao hơn nhiều con số 7000 đôla một tháng từ HAGL).

Quyết định quan trọng nhất mà bầu Đức làm trong việc trẻ hóa đội ngũ lãnh đạo CLB là điệu Kiatisuk từ Thái Lan sang làm lái trưởng HAGL và Dusit làm trợ lý. Kiatisuk khi đó vừa có một năm kinh nghiệm dẫn dắt Chonburi FC cán đích á quân Thai Premier League và vào tứ kết AFC Cup 2009 (thua Bình Dương). Khi Kiatisuk quay lại phố núi, Lee Nguyễn đã được nghe nói rất nhiều về ảnh hưởng của Zico Thái tại HAGL, mà cụ thể là chiếc áo số 13 được treo vào tủ kính vĩnh viễn cũng như hàng loạt hình ảnh của Kiatisuk thời hoàng kim trưng bày ở đại bàn doanh Hàm Rồng. Về phía Kiatisuk, tất nhiên, chân sút huyền thoại ở Đông Nam Á cũng thừa biết Lee Nguyễn đang là ngôi sao số một ở HAGL thời điểm đó.

Nhớ lại vụ Kiatisak đối đầu Lee Nguyễn: 2 hổ dữ không thể ở chung 1 rừng!
Kiatisuk không khuất phục nổi Lee Nguyễn

Bầu Đức kỳ vọng hai "gà cưng" của ông sẽ hợp tác để đưa HAGL trở lại vị thế quyền lực như giai đoạn 2002-2006. Thế nhưng, sự trông chờ của ông ở mùa 2010 hóa ra lại trở thành nỗi thất vọng tràn trề khi Lee Nguyễn là người phải ra đi từ rất sớm. Kiatisak lúc mới tiếp nhận ghế nóng, đã chủ động đến gặp Lee Nguyễn và nói rằng: "Tôi sẽ giúp cậu trở thành cầu thủ số một Đông Nam Á". Lee Nguyễn tin lời của Kiatisuk và cũng chẳng may nghĩ ngợi nhiều. Thế nhưng, mọi thứ sau đó trở nên rất khó hiểu.

Ngay trận đầu ra quân, HAGL đá tại sân Nha Trang của Khatoco Khánh Hòa, Lee Nguyễn đã phải ngồi ghế dự bị. Mãi đến khi HAGL bị Khánh Hòa dẫn trước 4-2, Kiatisuk mới tung tiền vệ gốc Việt vào sân. Lúc đó đồng hồ đã chỉ sang phút 75, và với thời gian ít ỏi còn lại Lee Nguyễn cũng đành bất lực. Kết quả thua của HAGL đã bất ngờ, việc Lee Nguyễn ngồi dự bị còn khiến báo chí ngỡ ngàng hơn. Một tuần sau HAGL tiếp Hòa Phát Hà Nội tại sân Pleiku và Lee Nguyễn lại không được đá chính. Mãi đến phút 80, khi đội chủ nhà bị Hòa Phát dẫn 2-1, Kiatisuk mới ngoắc tay ra hiệu cho Lee Nguyễn đứng khởi động ở đường pitch sau cầu môn.

Tiền vệ này lắc đầu từ chối, và HAGL thất bại trận thứ hai liên tiếp. Ngay lập tức, nhiều người hiểu rằng giữa Kiatisuk và Lee Nguyễn đã có mâu thuẫn nghiêm trọng.Lee Nguyễn chịu sự chỉ trích từ dư luận vì một cầu thủ chống lại HLV trưởng, dù bất cứ lý do gì đều không chuyên nghiệp. Trong cuộc họp khẩn sau trận đấu, Kiatisuk yêu cầu Lee Nguyễn xin lỗi HLV trưởng và cả đội bóng. Tuy nhiên tiền vệ này thẳng thừng từ chối: “Tôi chẳng có việc gì phải xin lỗi anh cả. Tôi đã tập luyện chuyên cần và thực hiện đầy đủ những gì mà HLV yêu cầu. Tôi cũng không bị chấn thương, không vi phạm kỷ luật và tôi đã thể hiện được năng lực trên sân cỏ. Vậy tại sao tôi lại đá dự bị? Anh nói rằng tôi là cầu thủ quan trọng nhất ở HAGL và lý giải rằng việc xếp tôi ở ghế dự bị là để gây bất ngờ cho đối phương ở hiệp 2. Tôi chưa từng thấy HLV nào trên thế giới lại dùng cầu thủ tốt nhất của mình chủ trong 15 phút cuối trận đấu. Nếu anh không thích, tôi sẽ rời đội bóng”.

Nóng mặt vì không trị được học trò, Kiatisuk đưa tối hậu thư tới bầu Đức rằng Lee Nguyễn cần bị loại khỏi đội bóng. Bầu Đức chiều ý công thần số một ở HAGL, cho Lee Nguyễn rời đội bóng. Không một ai ở HAGL dám bênh vực Lee Nguyễn dù rằng họ hiểu có sự bất thường trong mối quan hệ của Kiatisuk với cầu thủ Việt kiều. Lee Nguyễn xách đồ rời Hàm Rồng cũng là lúc anh nhận được cơn bão chỉ trích từ báo chí. Gần như tất cả mọi tật xấu hay sự thiếu chuyên nghiệp nào cũng được dễ dàng gắn cho cựu thần đồng bóng đá Mỹ. Lee Nguyễn không nói gì nhưng cha anh, ông Nguyễn Văn Phẩm lại cực kỳ bức xúc.

"Một thời gian khi Kiatisuk đến HAGL, lúc đó tôi cũng ở Pleiku. Một số cầu thủ nội của HAGL, do quý mến tôi, có nói rằng Lee nên coi chừng Kiatisuk. Tôi không tin có chuyện này kia, nhưng sự thật lại như những gì đã xảy ra", ông Phẩm kể lại. Dù vậy, ông Phẩm cũng thừa nhận Lee Nguyễn còn trẻ cũng như tính cách "quá Mỹ" để có cách ứng xử phù hợp hơn với hoàn cảnh tại Việt Nam lúc đó. Về sau khi trở lại giải MLS, báo chí Mỹ cũng hỏi Lee Nguyễn nhiều về chuyện rời HAGL và anh chỉ nói ngắn gọn: "Giữa tôi và HLV gặp một số vấn đề". Tuy nhiên, trong những câu chuyện riêng với người thân, Lee Nguyễn cho rằng, Kiatisuk đã hành xử "không công bằng” như cách của HLV nhà nghề.

Nhớ lại vụ Kiatisak đối đầu Lee Nguyễn: 2 hổ dữ không thể ở chung 1 rừng!
Kiatisuk thành công, Lee Nguyễn cũng thành công hiện giờ

"Ở PSV Eindhoven khi đến thay Guus Hiddink và thấy cách chơi của tôi không hợp với phong cách huấn luyện của ông ta, Ronald Koeman đã nói thẳng với tôi hãy tìm kiếm CLB khác để có cơ hội ra sân. Lúc ở Vancouver Whitecaps cũng vậy, HLV trưởng Martin Rennie không có kế hoạch sử dụng tôi và ông ấy cũng nói tôi tìm đội khác. Không có vấn đề gì nếu HLV không thích bạn và khi họ nói ra điều đó", Lee Nguyễn nói. Lee Nguyễn rời HAGL trong sự ngỡ ngàng, nhưng Kiatisuk cũng không thành công trong vai trò HLV trưởng. Mùa 2010, HAGL ngấp nghé ở nhóm chót, phải chờ đến hai vòng cuối cùng mới trụ hạng và cuối cùng cán đích thứ bảy. Kiatisuk rời phố núi sau khi mùa bóng 2010 kết thúc, bằng thất bại trước SLNA ở trận chung kết Cup Quốc gia tại sân Thống Nhất.

Sau khi rời HAGL cả Lee Nguyễn lẫn Kiatisuk đều thăng tiến vũ bão trong sự nghiệp. Hiện tại, Lee Nguyễn trở thành ngôi sao ở MLS trong khi Kiatisuk đang xây dựng hình ảnh một thần tượng mới trên băng ghế chỉ đạo của đội tuyển Thái Lan. Cho đến giờ cú trảm Lee Nguyễn của bầu Đức ở mùa giải 2010 vẫn là một trong những sự kiện bất ngờ, bí ẩn bậc nhất lịch sử V-League.