Ở trận đấu Khánh Hòa thua Quảng Nam 0-1 chiều 30/7, trọng tài chính Phùng Đình Dũng không công nhận bàn thắng của Khánh Hòa vào lưới Quảng Nam (vì lỗi fair-play) ở phút 90+2. Sau đó, trọng tài cấp FIFA này đã bị đình chỉnh nhiệm vụ hết mùa giải 2016. Trong buổi tổng mùa giải 2016 sáng 20/12 diễn ra tại LĐBĐ Việt Nam (VFF), Trưởng ban trọng tài VFF Nguyễn Văn Mùi đã tiết lộ về tương lai của vị "Vua áo đen" mắc sai lầm nghiêm trọng này. 
 
Theo ông Mùi, 4 trọng tài mắc sai phạm ở V.League 2016 bị hạ cấp, phải xuống bắt tại giải đấu thấp hơn trong năm 2017. Cụ thể, trọng tài Hà Anh Chiến, người "tưởng tượng" ra quả 11 m ở trận Thanh Hóa vs SLNA hôm 8/5 bị chuyển xuống làm việc tại các giải ngoài chuyên nghiệp, gồm những giải trẻ U15, U17, U19... Còn trọng tại Phùng Đình Dũng bị chuyển xuống Giải hạng Nhất mùa 2017. 
 
Ngoài 2 trọng tài kể trên, còn 2 vị "Vua áo đen" gồm Đinh Văn Dũng, Ngô Mạnh Cường bị chuyển xuống bắt tại giải hạng Nhất do không có tiến bộ về mặt chuyên môn. Cũng theo ông Mùi, công tác trọng tài vẫn còn nhiều thiếu xót trong mùa giải vừa qua và sắp tới, 23 trọng tài chuyên nghiệp và 30 trợ lý tham gia điều hành các trận đấu ở V.League 2017 sẽ có trải qua một đợt tập huấn để hướng đến mùa giải mới. 
 
Cũng trong cuộc họp sáng 20/12, Trưởng ban kỷ luật VFF Nguyễn Hải Hường cũng đã thông báo về sẽ siết chặt về đạo đức, tăng án kỷ luật với các cầu thủ chơi thô bạo ở V.League 2017 nhằm hạn chế những sai sót cá nhân (như trường hợp thẻ đỏ của Nguyên Mạnh, Đình Luật) dẫn đến bất lợi cho đội tuyển ở các giải đấu lớn như AFF Cup vừa qua.