Ngô Hoàng Thịnh được xem là "trò cưng" của HLV Hữu Thắng ở ĐT Việt Nam và được kỳ vọng nhiều ở AFF Cup 2016. Thế nhưng, tiền vệ gốc Nghệ An đã gặp phải chấn thương từ vòng bảng và đành lỡ hẹn 2 trận bán kết lượt đi và về trước Indonesia. Sau khi ĐT Việt Nam bị loại, Hoàng Thịnh đã trở về quê dưỡng thương. 
 
Một tuần trôi qua nhưng chấn thương của tiền vệ đang khoác áo FLC Thanh Hóa này vẫn chưa hồi phục, thậm chí không có chút tiến triển. Ngày 13/12, Hoàng Thịnh đã ra Hà Nội khám lại chấn thương háng của mình. Với tình hình hiện tại, Ngô Hoàng Thịnh sẽ phải nghỉ ít nhất một tháng mới có thể trở lại sân cỏ. Điều này cũng đồng nghĩa với việc anh sẽ nghỉ những vòng đầu của V.League 2017 khi giải đấu này sẽ khởi tranh vào tháng 1 tới. 
 
Ngô Hoàng Thịnh được HLV Hữu Thắng đặt niềm tin ở ĐTVN với vai trò tiền vệ phòng ngự. Nhưng do sử dụng sơ đồ 4-4-1-1 nên tiền vệ này được đẩy lên đá cặp cùng với Xuân Trường. Do chỉ quen đảm nhiệm vị trí "máy quét" nên Hoàng Thịnh đã không thể phát huy được hết khả năng của mình khi được bố trí đá cặp với Xuân Trường. Sự thiếu vắng Hoàng Thịnh đã khiến cho HLV Hữu Thắng không tìm được người thay thế hợp lý ở bán kết và đã thua ĐT Indonesia sau 2 lượt trận với tổng tỷ số 3-4 và bị loại khỏi AFF Cup 2016 sớm.