Giải đấu giao hữu FLC Cup 2016 với sự tham dự của 4 đội bóng gồm chủ nhà Thanh Hóa, SLNA, QNK Quảng Nam và Hà Nội T&T. Các đội thi đấu vòng tròn 1 lượt tính điểm, 2 đội đứng nhất và nhì bảng sẽ vào chung kết để tranh chức vô địch. 
 
Sau khi kết thúc 3 lượt trận của đấu bảng, QNK Quảng Nam giành được 2 trận thắng (1-0 trước Hà Nội T&T và 3-1 trước Sông Lam Nghệ An), 1 trận hòa (0-0 với FLC Thanh Hóa) xếp vị trí nhất bảng với 7 điểm. FLC Thanh Hóa xếp thứ 2 với 4 điểm. Theo điều lệ, QNK Quảng Nam và chủ nhà Thanh Hóa sẽ tranh chức vô địch vào ngày 15/12. 
 
Thế nhưng, ngay sau khi kết thúc trận đấu với SLNA ngày 12/12, lãnh đạo CLB QNK Quảng Nam đã gặp BTC giải và xin phép rút lui để trở về chuẩn bị cho lễ xuất quân và công bố nhà tài trợ mới. Đề nghị của đoàn quân HLV Hoàng Văn Phúc đã được BTC chấp thuận.
 
Đây được xem là sự cố hy hữu của giải đấu và lần đầu tiên có đội bóng từ chối đá chung kết. Điều này cũng đã ảnh hưởng không nhỏ đến uy tín của giải đấu. Dù sao đây cũng chỉ là cuộc tập dượt của các đội bóng nhằm chuẩn bị cho V.League 2017 nên việc cạnh tranh danh hiệu không phải là mục tiêu hàng đầu của các đội tham dự. 
 
Lý giải về sự cố hy hữu này, ông Nguyễn Trọng Hoài, GĐĐH CLB FLC Thanh Hóa, Trưởng BTC giải cho hay: Theo điều lệ của giải, QNK Quảng Nam xin rút lui thì đội xếp thứ 3 là Hà Nội T&T sẽ thay thế để đá trận chung kết với FLC Thanh Hóa (đội xếp thứ nhì). Đây là sự cố không mong muốn song BTC cũng thông cảm cho QNK Quảng Nam”.
 
Như vậy, trân chung kết FLC Cúp 2016 giữa FLC Thanh Hóa và Hà Nội T&T sẽ diễn ra vào 16h chiều 15/12.