2 trận đấu bán kết  U21 báo Thanh niên 2016 đã diễn ra trong 2 ngày 30 và 31/10, cụ thể như sau:

- 16h00 ngày 30/10: U21 Sanna Khánh Hòa 0-0; pen 7-6 U21 HAGL

- 16h00 ngày 31/10: U21 Hà Nội T&T 2-0 U21 Than Quảng Ninh

Lịch thi đấu chung kết U21 báo Thanh niên 2016:

- 16h00 ngày 2/11: U21 Hà Nội T&T vs U21 Sanna Khánh Hòa

Sau khi giành vé vào vòng bán kết U21 báo Thanh niên 2016, HLV Lê Văn Tú của U21 Sanna Khánh Hòa nhận xét về đối thủ ở trận bán kết là U21 HAGL: "Chuyên môn các cầu thủ HAGL rất tốt vì họ được cọ sát trong Hạng Nhất, sau đó đá V-League, tư duy chiến thuật tốt, dày dạn kinh nghiệm...".

Tuy nhiên, U21 Sanna Khánh Hòa cũng không hề kém cạnh với dàn hảo thủ đã từng chinh chiến quá nhiều giải đấu, kể cả V.League như Lâm Ti Phông, Trùm Tỉnh, Đình Khương. Mới đây nhất, HLV Hoàng Anh Tuấn đã gọi Đình Khương và Lâm Ti Phông lên U22 Việt Nam chuẩn bị sang Trung Quốc dự giải U22 Quốc tế.

Cặp đấu U21 Hà Nội T&T vs U21 Than Quảng Ninh cũng không có chênh lệch. Tuy U21 Hà Nội T&T chơi đẹp mắt hơn, nhưng U21 Than Quảng Ninh lại có lợi thế khác cho riêng mình, đó là lối đá thực dụng cùng sự cổ vũ của khán giả nhà.