Với lợi thế sân nhà, FLC Thanh Hóa đã tràn lên tấn công ngay từ đấu trận. Phút 8, sau pha phạt góc của Trọng Hoàng, tiền đạo Omar đã bật cao đánh đầu ghi bàn mở tỷ số cho đội chủ nhà. Những phút sau đó, 2 đội đều trình diễn lối đá chậm và chắc. 
 
Những nỗ lực của Hà Nội T&T cũng đã giúp họ có được bàn thắng gỡ hòa ngay trong hiệp một và người lập công là Duy Mạnh. Bước sang hiệp hai, Thanh Hóa vẫn là đọi chơi tấn công khi liên tiếp có được cơ hội uy hiếp thủ môn Anh Đức. 
 
Tuy nhiên, Hà Nội T&T cũng đã thi đấu rất tốt và bất ngờ có được bàn thắng vươn lên dẫn trước 2-1. Những phút sau đó, FLC Thanh Hóa đã chơi rất quyết tâm và họ may mắn có được hưởng quả đá phạt 11m do hậu vệ đội khách phạm lỗi với Hữu Dũng. Trọng Hoàng đã không bỏ lỡ cơ hội gỡ hòa 2-2 cho đội chủ nhà. 
 
Tỷ số 2-2 được giữ nguyên đến hết trận và 2 đội phải bước vào phân thắng bại bằng loạt đấu súng 11 mét. Lê Quốc Phương bên phía đội chủ nhà thực hiện không thành công nhưng sau đó Quang Hải bên phía Hà Nội T&T cũng sút hỏng. Văn Biển là người không sút hỏng quả đá phạt cuối cùng khiến cho Hà Nội T&T thua với tỷ số 4-5 sau 6 lượt đá. Như vậy, FLC Thanh Hóa đăng quang ngôi vô địch FLC Cup 2016.