Như đã hứa, HLV Takayuki Nishigaya tiếp tục trao cơ hội cho những cầu thủ trẻ ở trận đấu vòng 2 cúp Nhật Hoàng. Chính vì thế, Công Phượng cùng các đồng đội ít được ra sân ở J.League 2 đều có tên trong đội hình đá chính gặp Shimizu S-Pulse thuộc vòng 2 Cúp Hoàng đế diễn ra chiều 3/9. 

Trước một đối thủ đang đứng hạng 5 trên bảng xếp hạng J.League 2, Công Phượng và các đồng đội đã không thể hiện được nhiều. Với lợi thế sân nhà,  Shimizu S-Pulse đã có được 2 bàn thắng vươn lên dẫn trước với các pha lập công của Shota Kaneko (18') và Tese Chong (24') trong hiệp một.
 
Bước sang hiệp hai, Mito đã cố gắng đẩy cao đội hình tấn công nhằm tìm kiếm bàn thắng. Công Phượng thi đấu khá mờ nhạt nên đã bị thay ra ngay khi hiệp hai bắt đầu. Đội khách không những không có được bàn gỡ, họ còn nhận thêm một bàn thua ở phút 66 với pha lập công của Takuma Edamura (66') và đành chấp nhận thua chung cuộc 0-3 trước Shimizu S-Pulse. 
 
Với kết quả này, Mito Hollyhock đã dừng bước sớm ở Cúp Hoàng đế Nhật Bản điều này cũng đồng nghĩa với việc Công Phượng và các đồng đội đã đánh mất cơ hội ra sân đá chính của mình. 
 
Trong khi đó, Yokohama FC đã vượt qua V-Varen Nagasaki với tỷ số 2-1 sau hiệp phụ. Ở trận đấu này, tiền vệ Tuấn Anh vắng mặt.