Thạch Bảo Khanh là một trong những cầu thủ hay nhất của CLB Thể Công nói riêng và bóng đá Việt Nam nói chung trong thập niên đầu tiên của thế kỷ 21. Ngay mùa giải đầu tiên được Thể công đôn lên đội 1, Thạch Bảo Khanh đã cùng các đồng đội giành danh hiệu vô địch quốc gia năm 1998.

Quãng thời gian sau đó, Thạch Bảo Khanh trải qua những bước thăng trầm trong sự nghiệp. Tuy nhiên, anh vẫn ghi dấu ấn đậm nét với danh hiệu Quả bóng bạc Việt Nam 2004 và chức vô địch AFF Cup 2008 cùng ĐT Việt Nam. Những pha đi bóng lắt léo, đậm chất kỹ thuật của Thạch Bảo Khanh bên hành lang trái đã in sâu vào tâm trí nhiều thế hệ người hâm mộ.

Một năm sau khi cùng Hà Nội T&T (tiền thân của CLB Hà Nội) giành chức vô địch V-League 2013, Thạch Bảo Khanh giải nghệ và theo đuổi giấc mơ làm HLV. Song song với việc đi học các lớp huấn luyện, cựu danh thủ sinh năm 1979 sáng lập và quản lý Trung tâm bóng đá cộng đồng Dream Football.

Thạch Bảo Khanh đầu quân cho đội bóng cũ Thể Công

Với vai trò trợ lý HLV tại CLB Hà Nội ở mùa giải 2015, Thạch Bảo Khanh cùng HLV Nguyễn Đức Thăng giúp đội nhà giành chức vô địch giải hạng Nhất quốc gia và thăng hạng lên V-League sớm 1 vòng đấu. Những năm qua, anh tiếp tục tham gia các lớp HLV chuyên sâu do FIFA, AFC, VFF tổ chức.

Vào ngày 24/4/2020, Thạch Bảo Khanh quyết định trở lại mái nhà xưa Thể Công. Theo thông báo của đội bóng quân đội, Thạch Bảo Khanh sẽ làm trợ lý cho HLV Minh Dũng ở U17 Viettel. Với kinh nghiệm đào tạo trẻ, Quả bóng bạc Việt Nam 2004 hứa hẹn sẽ giúp Viettel có được nhiều tài năng trẻ trong tương lai.